Учился в одном из престижных школ Мэриленда - Макдоногском колледже. В 1966 году получил стипендию для обучения в Йельском университете. Не участвовал в проходивших там в то время студенческих акциях против войны во Вьетнаме. В ходе президентской кампании 1964 года был членом избирательного штаба кандидата-республиканца Барри Голдуотера, известного своими антикоммунистическими взглядами.

Закончив в 1974 году юридический факультет Йельского университета, стал сотрудником юридической фирмы Covington&Burling в Вашингтоне (1974-1981).

В 1981 году начал работу в администрации Рональда Рейгана (1981-1989) сначала как генеральный юрисконсульт, а в 1982-1983 годах как заместитель администратора программного и стратегического планирования в Агентстве США по международному развитию (USAID).

В 1983 году вернулся в Covington&Burling в качестве партнера, где проработал до 1985 года. При этом в 1984 году был исполнительным директором Комитета по разработке избирательной платформы республиканцев на очередных президентских выборах (1984).

В 1985-1989 годах - заместитель министра юстиции в администрации Рональда Рейгана, занимался вопросами назначений в юридической системе США.

В 1989-1993 годах в администрации Джорджа Буша - старшего (1989-1993) занимал должность помощника государственного секретаря по делам международных организаций. Был сторонником отмены резолюции Генеральной Ассамблеи ООН 3379 от 1975 года, приравнивавшей сионизм к расизму. В декабре 1991 года под давлением США ГА ООН проголосовала за ее отмену.

После поражения Буша - старшего на выборах в 1992 году Джон Болтон вернулся к юридической практике, став партнером фирмы Lerner, Reed, Bolton & McManus (1993-1999). В 1997 году занял пост старшего вице-президента в Американском институте предпринимательства (консервативный аналитический центр). В этот период критиковал администрацию Билла Клинтона (1993-2001) за решение о присоединении США к Международному уголовному суду (МУС).

В ходе президентских выборов 2000 года, на которых Джордж Буш - младший (2001-2009) с минимальным отрывом одержал победу над демократом Альбертом Гором, Болтон участвовал в пересчете голосов в штате Флорида. В 2001 года в администрации Буша - младшего получил пост заместителя госсекретаря по контролю над вооружениями и международной безопасности. За Болтоном закрепилась репутация "ястреба", сторонника расширения американского военного и политического влияния в мире и проведения жесткой линии по отношению к таким странам, как КНДР, Иран, Куба и Россия. В 2002 году добился отмены ратификации США статута МУС. В 2003 году он был сторонником вторжения США в Ирак. Несмотря на то что разведданные о наличии у Багдада оружия массового уничтожения, ставшие основанием для военной операции, оказались ложными, Болтон считает, что военное вмешательство было необходимым.

В августе 2005 года Джон Болтон был назначен Бушем на пост постоянного представителя при ООН. Ввиду того, что против этого решения выступали не только демократы, но и некоторые республиканцы, президент воспользовался своим конституционным правом назначить Болтона без согласия Сената (в период парламентских каникул). На этом посту Болтон не скрывал своего негативного отношения к этой организации, заявляя, что "нет никакого ООН", а все страны должны идти за лидером в лице США. Понимая, что Болтон не будет утвержден Сенатом на должности постпреда при ООН, в декабре 2006 года Буш отправил его в отставку.

С 2007 года в качестве старшего научного сотрудника работает в Американском институте предпринимательства. Также является старшим советником финансовой компании Freedom Capital Investment Management, комментатором канала Fox News и консультантом юридической фирмы Kirkland & Ellis. В 2012 году был советником по внешней политике кандидата в президенты республиканца Митта Ромни. Сотрудничает с рядом консервативных общественных организаций и аналитических центров.

Как сообщает CNN со ссылкой на источники в Белом доме, в ходе встречи Дональда Трампа с Болтоном, предшествовавшей его назначению помощником по национальной безопасности, он пообещал президенту, что "не начнет никаких войн" в этой должности.